Кал лучше всего собирать в бумажные стаканчики одноразового пользования, пропитанные парафином. Собранный кал не должен содержать примесей мочи, воды (жидкости после проведения клизм), жировых остатков после введения свечей, сульфата бария, который выделяется в течение 2—3 дней после рентгенологического обследования. Перед исследованием не следует применять слабительных препаратов или пить минеральную воду, оказывающую слабительное действие.
При исследовании желчи применяют фракционное дуоденальное зондирование. Ошибки могут быть связаны с тем, что дуоденальное зондирование проводится обычным зондом. При этом желчь может смешиваться с секретом поджелудочной железы. Возникает необходимость отсасывания желудочного содержимого, что возможно при использовании двухканального гастродуоденального зонда.
Очень важно, чтобы перед диагностическим зондированием больной не принимал настоя желчегонных трав и других лекарственных препаратов, особенно гормонов, значительно изменяющих показатели желчи. Например, прием кортикостероидов резко изменяет общее количество и содержание отдельных фракций желчных кислот, общее количество белка и соотношение белковых фракций и др.
Важную роль в предотвращении ошибок при лабораторном обследовании играет правильное хранение проб. Имеют значение время хранения материала для исследования, температура, влажность, чистота воздуха, освещенность и другие факторы.